W. Nowak

Komputerowe modelowanie dynamiki białek transportowych i ich oddziaływań z ligandami

Nakład wyczerpany

ISBN:
83-231-1173-1
Publication year:
2000
Pages number:
144
Publisher:
Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu Mikołaja Kopernika

12,00 zł

W. Nowak

Komputerowe modelowanie dynamiki białek transportowych i ich oddziaływań z ligandami

Kategoria produktu:

Celem prezentowanych w tej rozprawie badań było opracowanie oraz ulepszenie i sprawdzenie nowych metod teoretycznej analizy dynamiki białek i prostych układów modelowych o znaczeniu biologicznym. Szczególną uwagę zwrócono na oddziaływania białek transportowych - leghemoglobiny, mioglobiny i transtyretyny z ligandami naturalnymi oraz z ligandami sztucznymi. Do badania tych bardzo ważnych w biologii molekularnej systemów wykorzystano stosunkowo nowe, bądź mało zbadane, metody molekularnej fizyki obliczeniowej - metodę lokalnie wzmocnionego próbkowania, metody zaburzeniowego obliczania zmian energii swobodnej FREP/LES i TI/LES, metodę obliczania ścieżki reakcji poprzez minimalizację całki drogi SPW. Uzyskano szereg ciekawych wyników, które są opisane w rozprawie. Na przykład, dzięki zastosowaniu tych niestandardowych metod, autorowi udało się po raz pierwszy wyznaczyć klasyczną ścieżkę reakcji dyfuzji liganda CO w biocząsteczce złożonej aż z 1471 atomów.

Metoda lokalnie wzmocnionego próbkowania (Wprowadzenie * Opis metody LES * Zalety metody LES - analiza numeryczna * Metoda LES, a inne metody polepszania próbkowania przestrzeni konformacyjnej * Dyskusja problemu ekwipartycji energii * Implementacje numeryczne * Zastosowania metody LES do badania białek transportowych)
Metoda SPW - obliczanie ścieżki reakcji poprzez minimalizację całki drogi z funkcją celu (Wprowadzenie * Opis metody SPW * Obliczanie ścieżki dyfuzji CO w leghemoglobinie * Metoda SPW z selekcją * Opis ścieżek reakcji * Inne metody globalne obliczania ścieżek reakcji)
Nowe metody obliczania wielkości termodynamicznych oparte na lokalnie wzmocnionym próbkowaniu przestrzeni konfiguracyjnej (Wprowadzenie * Metoda TI/LES * Metoda FREP/LES)
Rola strony proksymalnej w kontroli kinetyki wiązania liganda w białkach hemowych (Wprowadzenie * Dynamika molekularna mutantów deoksymioglobin H93G ťSperm WhaleŤ i ťHomo SapiensŤ z egzogennymi ugandami proksymalnymi * Dynamika molekularna mutantów proksymalnych S92X deoksymioglobin ťSperm WhaleŤ i ťHomo SapiensŤ * Modelowanie rekombinacji NO (tlenku azotu) z grupą hemową- rola strony proksymalnej)
Prosta metoda modelowania dynamiki sond fluorescencyjnych ze stanami tict w białkach (Wprowadzenie * Natura stanów emisyjnych donorowo-akceptorowych pochodnych naftalenu * Sondy fluorescencyjne w białkach - fotofizyka i dynamika * Podsumowanie rozdziału 6)
Oddziaływanie hormonów tarczycy z transtyretyną (Wprowadzenie * Dynamika kompleksów T2-TTR)

No reviews

At the moment there is no reviews for this book. You can write your own!!!

Write review

Write your own review

Captcha

Newsletter

If you are interested in receiving news from Wydawnictwo Naukowe UMK, please subscribe to our newsletter.

Dodano do koszyka:

Lorem ipsum