Studia historyczne odbył na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. W 1960 r. na podstawie pracy "Dzieje sejmu Prus Książęcych z 1566" napisanej pod kierunkiem prof. Karola Górskiego uzyskał stopień magistra. W 1961 r. został zatrudniony na stanowisku asystenta na UMK. W 1965 r. uzyskał doktorat, a następnie habilitację (1974) oraz tytuł profesora nadzwyczajnego (1988) i profesora zwyczajnego (1991). Członek PAU (korespondent od 1996, czynny - od 2009 r.). 17 września UWM w Olsztynie nadał mu tytuł doktora honoris causa tej Uczelni. Obecnie jest wiceprezydentem International Commision for the History of Representative and Parliamentary Institution. Specjalizuje się w dziejach Prus i Skandynawii. Bibliografia jego prac (książki, artykuły, recenzje) obejmuje ok. 520 pozycji, w tym ok. 100 pozycji w językach obcych. Opublikował m.in. monografie: Ustawa o rządzie („Regimentsnottel”) Prus Książęcych z roku 1542 (Toruń 1967), Prusy Książęce a Prusy Królewskie w latach 1525–1548. Studium z dziejów polskiej polityki księcia Albrechta Hohenzollerna (Warszawa 1976), Dwie części Prus, wyd. I (Olsztyn 1987), Moje Prusy, moje Mazury (Dąbrówno 2009). Z prof. Karolem Górskim współpracował przy publikacji tekstów źródłowych. Jest też wydawcą autorów staropolskich, m.in. Marcina Kromera i Stanisława Murzynowskiego.
Opera Selecta, t. V: Polska w Europie nowożytnej. Studia i szkice
Kolejny tom studiów Profesora Janusza Małłka publikowany w serii „Opera Selecta”, przygotowanej przez Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu Mikołaja Kopernika, jest z jednej strony kontynuacją prac nad polskim parlamentaryzmem, myślą polityczną, stosunkami religijnymi w epoce nowożytnej, z drugiej – próbą spojrzenia na zjawisko kształtowania się szkół historycznych oraz relacji mistrz–uczeń, tworzącej oblicze humanistyki w ostatnich stuleciach.
Słowo wstępne (Stanisław Roszak) / 7
Avant-propos (Stanisław Roszak) / 9
Przedmowa (Janusz Małłek) / 13
CZĘŚĆ I. POLONICA
1. Dzieje polityczne Polski
Miejsce Polski w dziejach Europy / 21
Traktat toruński z roku 1466 w historiografii polskiej i niemieckiej / 33
Samorząd w Prusach Polskich w czasach nowożytnych / 45
„Marzenia o potędze” a rzeczywistość polityczna Rzeczypospolitej w XVII w. / 61
Podróż dyplomatyczna Jana Ocieskiego do Konstantynopola w roku 1531 w świetle jego diariusza (wspólnie z Wojciechem Polakiem) / 71
Dyplomaci polscy w Istambule w latach 30. i 40. XVI w. Kartki z dziejów stosunków polsko-tureckich / 83
2. Dzieje parlamentaryzmu polskiego w epoce Odrodzenia
Drukarnie i druki w służbie polskiego parlamentu w XVI w. / 101
Trzy listy sejmowe z czasów Zygmunta Augusta (wspólnie z Wojciechem Polakiem) / 111
Polska instrukcja poselska z roku 1562 w archiwum meklemburskim (wspólnie z Teresą Borawską) / 121
Źródła do dziejów reprezentacji stanowej w krajach nadbałtyckich od Pomorza Zachodniego po Inflanty / 131
Zasługi Karola Górskiego we wprowadzeniu problematyki stanowej do historiografii polskiej / 141
Międzynarodowa Komisja do Badania Historii Zgromadzeń Stanowych i Instytucji Parlamentarnych (1936–2008) i udział w niej polskich badaczy / 153
3. Protestantyzm i katolicyzm w Polsce w XVI i XVII w.
Początki, rozwój i przyczyny załamania się reformacji w Polsce w XVI w. / 167
Periodyzacja dziejów reformacji w Polsce / 181
Zarys dziejów reformacji w Wielkopolsce / 189
Reformacja w Prusach Królewskich i Koronie w XVI w. Podobieństwa i różnice / 201
O Piotrze Artomiuszu, pastorze kościoła NMP w Toruniu i jego twórczości / 213
Piotr Skarga jako problem dialogu ekumenicznego protestantów i prekursor konfesjonalizacji trydencko-katolickiej w Polsce / 227
4. Kultura w Polsce i Skandynawii w XIV–XVIII w.
Stosunki kulturalne Polski i Litwy, a potem Rzeczypospolitej z państwami skandynawskimi w późnym średniowieczu i czasach nowożytnych (1385/1397–1795) / 245
Kultura katolicka i kultura mniejszości wyznaniowych w Polsce w XVII i XVIII w. / 289
5. Przyczynki do biografii historyków polskich, badaczy późnego średniowiecza i wczesnej epoki nowożytnej
Ludwik Kolankowski a uniwersytety polskie / 301
Cechy toruńskiej szkoły historycznej Karola Górskiego / 313
Karol Górski – autor biografii Mikołaja Kopernika / 323
Marian Biskup – historyk Zakonu Krzyżackiego, Pomorza i Prus / 337
Kontakty i przyjaźnie Klausa Zernacka z toruńskimi historykami w latach 70. i 80. XX w. / 343
Andrzej Tomczak – historyk dziejów Polski epoki nowożytnej / 355
Wielkie Pomorze (Pomorze Zachodnie, Prusy Zachodnie i Wschodnie) w historiografii polskiej po roku 1945 / 365
6. Z dziejów medycyny w Polsce w XVI w.
Nowe przyczynki do historii okularów w Polsce w XVI w. Gdańskie okulary księcia pruskiego Albrechta / 375
Przyczynek do historii chirurgii okulistycznej w Polsce w XV w. Toruńska operacja zaćmy Bartłomieja Płuczki w 1589 r. / 395
CZĘŚĆ II. ROMANICA
La naissance du protestantisme dans le duché de Prusse / 407
Tolérance religieuse et confessionnalisme en Pologne et en Suede aux XVIe et XVIIe siecles / 421
Prussiano, polacco o tedesco? Identita e minoranze in Prussia e Polonia del Nord (XVI–XX secolo) / 431
La Prusse Ducale et le Brandebourg dans les années 1525/1535–1701 (état des études et besoins de recherches) / 455
Nota bibliograficzna / 469
Indeks osobowy / 473
Janusz Małłek
- Opera Selecta, t. I: Polen und Preussen vom 15. bis zum 18. Jahrhundert. Bestandsaufnahme und Perspektiven
- Opera Selecta, t. II: Poland, Prussia in the Baltic area from the sixteenth to the eighteenth century
- Dwie części Prus. Studia z dziejów Prus Książęcych i Prus Królewskich w XVI i XVII wieku
- Mikołaj Kopernik. Szkice do portretu
- Opera Selecta, t. III: Scandinavica
- Prusy Książęce a Prusy Królewskie w latach 1525-1548. Studium z dziejów polskiej polityki księcia Albrechta Hohenzollerna
- Opera Selecta, t. IV: Reformacja i protestantyzm w Polsce i Prusach (XVI-XX w.)
- Historia Norwegii (do roku 1814)
- Opera Selecta, t. V: Polska w Europie nowożytnej. Studia i szkice
- Księstwo pruskie w XVI wieku. Ustawa o rządzie z 1542 roku